Toitlustamisteenuse eest tasumise süsteem on üles ehitatud selliselt, et selles osalevad oma osa ulatuses kaks osapoolt:
1) Tartu linn kannab koolilõuna toetuse arvelt kehtestatud määra alusel toitlustatava õpilase koolilõuna kulud;
2) vanem katab omaosaluse vastavalt kehtestatud määrale.
Mõlemad osapooled vastutavad hankelepingu järgi toitlustamisteenuse osutaja ees oma kohustuste täitmise eest.
2017/2018. õppeaastast võeti koolitoidu tellimisel ja arveldamisel kasutusele e-keskkond ARNO. Kuni 2017/2018. õppeaastani tegeles nende küsimustega toitlustaja klassijuhatajate kaudu.
Toitlustaja esitas kuni 31.08.2017 haridusosakonnale arveid koolilõuna toetuse saamiseks vastavalt enda loendatud toidukordadele. Kuna senises korralduses puudus avalike rahaliste vahendite kasutamisel läbipaistvus, sest toitlustaja loendatud toidukordade arve ei olnud võimalik üle vaadata, siis võeti kasutusele süsteem, mis tagab nii toitlustajale, vanemale kui linnavalitsusele võimaluse näha ühetaolist arvestust tellitud või väljastatud toidukordade kohta. Kõikide osapoolte kasutada on ühetaoline info toitlustamisteenuse kohta.
Uuele süsteemile üleminekul arvestati ka asjaolu, et vanemaga suhtlemine klassijuhataja kaudu ja ilma arveteta ülekannete tegemine toitlustaja kontole ei olnud piisavalt kaasaegne lahendus, st e-teenuste kaudu oli võimalik vastavaid tegevusi kaasajastada. Seega loodi e-keskkonnas ARNO lisaks toidukordade arvestamise keskkonnale ka vanematele koolitoidu tellimise ja selle eest maksmise keskkond.
Senini tuli vanematel teha koolitoidu eest ettemakse toitlustajale. Kuna aga Tartu teiste õppeasutuste toitlustamisteenuste puhul on lubatud toidu eest tasuda toitlustamiskuule järgneval kuul, siis peaksid vanemad tulevikus ka koolitoidu eest maksma summa hiljemalt toitlustamiskuule järgneva kuu 10. kuupäevaks.
Vanem näeb koolitoidu konto saldot jooksvalt e-keskkonnas ARNO. Ta võib teha ettemakse jooksval kuul, kuid ta võib summa üle kanda kuni toitlustamisele järgneva kuu 10. kuupäevaks ilma, et seda võlana käsitletakse. Kui toitlustamiskuu koolitoidu eest ei ole järgneva kuu 10. kuupäevaks ülekannet tehtud, siis loetakse vastav summa võlaks.
Lisaks jooksvale koolitoidu saldo nägemisele hakkavad vanemad saama kuu viimasel päeval teavitusi toitlustamiskuu toidukulu summa kohta.
Vanemate osalus laekub Tartu Linnavalitsuse kontole, millele on sõlmitud vastavad kaupmehelepingud, et oleks võimalik e-keskkonna ARNO vahendusel kandeid teha. Kaupmehelepingute vahendamine oli e-keskkonna ARNO toimimiseks vajalik, sest vastasel juhul oleks pidanud iga toitlustaja ise kõikide pankadega sõlmima eraldi kontodele kaupmehelepingud. Kui arvestada, et hetkel on koolides 4 erinevat toitlustajat ja makseid saab teha 4 erinevasse panka, siis oleks see tähendanud 16 erineva pangakonto kasutamist. Seejuures oleks pidanud iga toitlustaja ka vastavad kaupmehelepingud õigeaegselt sõlmima. Kuna see süsteem oleks läinud liiga keeruliseks, siis oli mõistlik pakkuda linnavalitsuse vastavate kontode kaudu kaupmehelepingule nö vahendusteenust. Ehk raha kogutakse 4 kontole kokku ja siis jagatakse toitlustajate vahel laiali.
Vanemate osalus tuleb kanda ühistelt kontodelt toitlustajatele edasi. Haridusosakond teeb vastava kande 15. kuupäevaks maksefaili algatamise hetkeks laekunud vanema osaluste alusel.
Kuna vanemate osalus jõuab toitlustajatele viivitusega, siis on toitlustajatel võimalik taotleda ettemaksu kuu eest koolilõuna riigitoetuse ulatuses, so õpilase arv * kuu toidupäevade arv * 1,00 euro. Ettemaks arvestatakse tasa alates järgmisest kuust kuni tasaarvestamiseni.
Kuna tasaarvestamiseks võib kuluda 2 kuud, sest ühe kuu tegelik koolilõuna toetuse summa ei pruugi katta kogu ettemaksu, siis ei saa ettemaksu eraldada enam aprillis ja mais, sest toitlustamine lõpeb tavaliselt juunikuu esimese nädalaga. Õppeperioodi lõpuks peaksid olema arvestatud toidukorrad ja makstud toidukorrad võrdsed selliselt, et toitlustajale ei jää ettemaksu ja linn ei jää toidukulu eest võlgu.
Haridusosakond kannab ka koolilõuna toetuse toitlustajale toitlustamiskuule järgneva kuu 15. kuupäevaks.
Haridusosakond soovib lõpetada erakooli pidajatele ja teistele kohalikele omavalitsusüksustele linnaeelarvest eraldatava koolilõuna toetuse andmise, kuna vastav summa on arvestatud õpilase õppekoha maksumuse sisse ning koolilõuna jaoks eraldi toetuse andmine tähendaks kahekordset toetamist. Iga kool ja koolipidaja korraldavad koolides toitlustamist ise sh kehtestavad ise ka toitlustamise hinnad ning otsustavad kuidas koolilõuna toetust kasutatakse. Praktikas ei ole teiste koolipidajate koolides võimalik kontrollida, kas Tartu linna poolt eraldatav täiendav koolilõuna toetus jõuab konkreetse lapseni või läheb see kooli üldkulude katteks. Samuti ei ole võimalik kontrollida kas toetust saavad lapsed käivad söömas või mitte. Tartu linn ei tee edaspidi oma koolides vahet, kas koolilõuna toetust saavad linna sissekirjutust omavad lapsed või teiste KOV-de lapsed. Riigipoolset koolilõuna toetust saavad kõik teised koolipidajad samadel alustel Tartu linnaga ja see eraldatakse neile otse vastavalt õpilaste arvule.